A USP conta com sistema consolidado de Pós-Graduação, de onde se origina 90% da pesquisa desenvolvida na Instituição, distribuída por 229 programas, abrangendo em torno de 322 áreas de concentração, cujos programas compreendem todas as áreas do conhecimento. São quase 22 mil alunos matriculados na Pós-Graduação, 51,6% dos estudantes no Mestrado e 48,4% no Doutorado.

A Pós-Graduação possui sistema de avaliação interna e é avaliada externamente, e de forma contínua, pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), responsável pelo credenciamento dos Programas de Pós-Graduação em nível nacional. Os conceitos, que vão de um a sete, são utilizados pelo Conselho Nacional de Educação para validar os títulos obtidos nos programas de Pós-Graduação.

Na última avaliação trienal da Capes, 2004 a 2006, 70% dos programas oferecidos pela USP correspondem à excelência – conceitos 5 a 7, sendo que os programas avaliados com conceito 7 aumentaram de 20 para 25 e, os com conceito 6, de 35 para 39.
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