Com instalações à beira-mar, o Cebimar, localizado na cidade de São Sebastião (SP), oferece infra-estrutura para projetos de pesquisa e cursos de nível superior. Conta com laboratórios com água do mar corrente, tanques para manutenção de organismos vivos, salas de aula, refeitório, biblioteca especializada, alojamento e auditório.
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