A prática de interdisciplinaridade no desenvolvimento de projetos foi consolidada no PROCAM através de três projetos , dois com financiamento nacional – CNPq e Fapesp e um internacional agregando um conjunto de pesquisadores.
O projeto Aprendizagem social na gestão compartilhada de recursos hídricos em três bacias hidrográficas no Estado de São Paulo: desafios e oportunidades para a cooperação em plataformas multi-atores (CNPq- edital Universal , 2007-2010) que foi realizado entre 2007 e 2010 agregou cinco docentes do PROCAM-USP e dois docentes de unidades da USP, cinco posgraduandos do PROCAM. O projeto foi coordenado pelo Prof. Dr. Pedro Roberto Jacobi.
O projeto “Diagnóstico socioambiental, aprendizagem social e modelos multi-agentes na definição de políticas públicas para a gestão integrada dos recursos hídricos e uso e ocupação do solo” (Fapesp- Politicas Públicas, 2008 – 2011” agrega seis docentes do PROCAM e quatro de unidades da USP. Participam sete alunos posgraduandos em nível de Mestrado e Doutorado do PROCAM. A coordenação do projeto é do Prof. Pedro Roberto Jacobi.
O projeto GovAgua/Alfa (Apoio da Comunidade Européia, 2005-2009) sobre Governança da Água na América Latina e Europa foi coordenado pelo PROCAM-USP sob a responsabilidade do Prof. Pedro Roberto Jacobi. Reuniu dez universidades ( seis da América Latina e quatro da Europa), e possibilitou a realizou de importante intercambio acadêmico e de pesquisa e publicações conjuntas, tendo como resultado a RedeGovAgua. Sete alunos do PROCAM e dois docentes participaram de intercâmbios com instituições da América Latina e Europa. O PROCAM recebeu recebeu seis intercambiantes das instituições participantes.
O projeto SETUP coordenado pela Professora Neli Mello com a colaboração do Professor Wagner Ribeiro, uma parceria da USP (FFLCH e PROCAM) com pesquisadores da França e India sobre Políticas Urbanas, Território e Exclusão Social e identificação de conflitos socioambientais.
O Projeto Ecomanage – Integrated Coastal Zone Management System financiado pela Comunidade Européia contou com participação dos docentes do PROCAM- Sonia M. F. Gianesella e Joseph Harari e dos seus respectivos orientandos. O projeto agregou docentes do Brasil (USP), Chile, Argentina, Holanda, Portugal e Itália.
O Professor Nelson Gouveia participa do projeto multicêntrico financiado pelo Health Effects Institute sobre poluição aérea na América Latina, em interação com pesquisadores do Chile e México.
Desde 2008, o PROCAM participa ativamente da criação da rede Waterlat, e diversos docentes participam das atividades.
