O CENO teve suas origens ligadas à constituição do Núcleo de Desenvolvimento e Pesquisa do Navio (NDPN), em 1973. Este núcleo surgiu de um acordo realizado entre o Departamento de Engenharia Naval da Escola Politécnica, o Escritório Técnico de Construção Naval da Marinha do Brasil e o Instituto de Pesquisas Tecnológicas (IPT). Em 1984 constituiu-se o Centro de Pesquisas em Engenharia Naval Oceânica (CEPEN), ligado ao Departamento de Engenharia Naval da Escola Politécnica. A partir de então, em consequência das demandas tecnológicas nacionais, avolumaram-se os projetos de pesquisa desenvolvidos para a Marinha do Brasil, PETROBRÁS, e outras instituições privadas (Ishikawajima do Brasil, CONFAB, Estaleiros Verolme, ENGEMAQ, etc). Em 1990 formou-se o Centro de Estruturas Navais e Oceânicas (CENO). Um centro de pesquisa da Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo, sediada na Avenida Professor Mello Moraes, 2231,Cidade Universitária - Butantã - São Paulo - SP.