O CISLOG tem como meta ser centro de referência e excelência reconhecido nacional e internacionalmente, tanto em termos acadêmicos e de pesquisa científica, quanto de reconhecimento pela sociedade. Procura atuar de modo alinhado com a realidade do país, com o propósito de entender e propor soluções inovadoras para os desafios logísticos da sociedade brasileira e, assim, liderar a pesquisa, o desenvolvimento e a disseminação de conhecimentos em Engenharia de Sistemas Logísticos no Brasil.
Sua criação formaliza e intensifica as ações já existentes de integração interdepartamental em ensino, pesquisa e extensão, envolvendo temas de sistemas logísticos e gestão da cadeia de suprimentos. Por meio da geração, isenta e independente, de conhecimentos, produtos e serviços úteis à sociedade, busca assegurar que a Escola Politécnica da USP tenha papel central no debate nacional de Logística, na identificação e formulação dos problemas prioritários e nas inovações necessárias ao desenvolvimento sustentável do país.