Com a criação de novos projetos e consolidação de programas importantes já existentes, a gestão da reitora Suely Vilela fortaleceu as atividades de graduação, que atualmente congrega 243 cursos e cerca de 58 mil alunos, e a integração destas com ações de pesquisa e de cultura e extensão universitária, dando sequência à política da Universidade de privilegiar a formação empreendedora, incentivando ações de cidadania e de responsabilidade social de seus alunos.

Com o surgimento de novos cursos e Unidades de Ensino e Pesquisa, foram criadas e efetivadas, nesse período, políticas de inclusão social e de permanência estudantil, com a implantação de programas especialmente voltados para os alunos de graduação, como Ensinar com Pesquisa, Aprender com Cultura e Extensão e Circuito Esportivo.

Projetos como os de tutorias para estudantes e de bolsas para a inserção internacional foram outras iniciativas bem-sucedidas nesse sentido.

Para reforçar projetos como USP de Iniciação Científica foi instituído, pela reitora Suely Vilela, o Programa de Bolsas de Iniciação Científica, com recursos da própria Instituição, por meio das Pró-Reitorias de Pesquisa e de Graduação. Os bolsistas de iniciação científica da USP apresentam seus trabalhos no Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, SIICUSP, que conta ainda com a participação de estudantes de instituições estrangeiras, como Rutgers (State University of New Jersey), Ohio State University, Notredame University Indiana USA e Universidade do Porto.

A valorização das atividades de docência esteve em pauta durante toda esta gestão que implantou, em 2007, o Curso de Pedagogia Universitária. Destaque também para a sistematização do processo de acompanhamento e avaliação dos cursos de graduação no Portal Siga (Sistema Integrado de Indicadores da Graduação).

Dentre os investimentos na infraestrutura, realizados neste período, destacam-se os Programas de Manutenção e Reequipamento de Laboratórios Didáticos (Pró-Lab) e de Recuperação de Salas de Aula (Pró-Salas).