Criado por Liliane Santana, do Instituto de Matemática e Estatística em seu mestrado, o Pipeline Annotation Tool (Pato) é um software que facilita a análise de sequências genômicas. Com ele é possível, através de uma interface, fazer a seleção de sequências para análise, construir pipelines para processamento das mesmas e analisar os resultados encontrados a partir de um visualizador que permite ao usuário adicionar informações às regiões e fazer a curadoria das sequências.

Com o desenvolvimento das tecnologias de sequenciamento de DNA, cada vez mais organismos podem ser analisados e mais dados são gerados. As ferramentas para esse tipo de processamento, no entanto, são muito fragmentadas. "O sequenciamento de genomas está cada vez mais potente", explica Liliane. "Hoje é possível sequenciar genomas com muito mais capacidade a um preço bem mais acessível. As ferramentas criadas não têm conseguido alcançar esse avanço."

Nesse contexto, foi criado pelos professores Alan Mitchell Durham e Arthur Gruber o EGene, que é um sistema de construção de pipelines. Estas seriam processos pelos quais dois ou mais programas podem ser executados de forma coordenada, em uma determinada ordem, onde a saída de cada um é redirecionado como entrada do próximo

O Pato é uma plataforma composta pelos módulos de análise e processamento e integrada a um banco de dados. O módulo de análise é responsável pela comunicação com quem utiliza, pois é através dele que o usuário insere sequências na plataforma, seleciona as mesmas a partir de diversos parâmetros como organismo, composição da sequência, resultado de processamentos anteriores, analisa visualmente os resultados  e adiciona informações . O módulo de processamento é composto pelo sistema EGene. O fato de todas as ações da plataforma serem desempenhadas por meio da interface facilita o uso, pois dispensa o conhecimento de comandos para a execução das ações.

O trabalho foi co-orientado pelo professor Arthur Gruber do Instituto de Ciências Biológicas e foram utilizados dados reais para o processo de consulta e testes na plataforma. A ferramenta estará disponível em breve, mas Liliane diz que ainda pensam em maneiras de melhorá-la como adicionar um método de recuperar pesquisas já feitas e quais consultas foram utilizadas para chegar no resultado.