A Engenharia de Biossistemas iniciou-se como curso de graduação no Brasil em 2009 através da Universidade de São Paulo. O curso foi estabelecido na Faculdade de Engenharia de Alimentos e Zootecnia (FZEA) localizado na cidade de Pirassununga, interior de São Paulo, no ano de 2009. Mas, a implantação da Engenharia de Biossistemas relaciona-se a diversos fatos anteriores que levaram a criação desse curso.

Em 1970, como resultado da reforma universitária implantada pela USP, surgiram diversos Departamentos dentro das diversas unidades da USP, e na Esalq em Piracicaba formou-se o Departamento de Engenharia Rural pela junção de três departamentos já existentes (Engenharia Rural, Mecânica Agrícola e Topografia e Estradas, respectivamente). Com o aumento no número de docentes e áreas de pesquisa do Departamento, ocorre a mudança no nome para Departamento de Engenharia de Biossistemas. Segundo definição no site do Departamento da Esalq, consta a seguinte descrição da Engenharia de Biossistemas: “O nome Engenharia de Biossistemas, já consagrado na maioria das Universidades do mundo, é apropriado para definir as atuais e futuras tendências do desenvolvimento da pesquisa, tecnologia e ensino desta área, tendo em vista que integra as áreas relacionadas à Engenharia Rural, porém ampliando seu escopo de aplicação, não só às questões agrárias, mas também às biológicas e ambientais, ou seja, a interface do ambiente com a sociedade e o ecossistema.”

No mesmo ano de 2009 que foi iniciado o curso em Pirassununga, a milhares de quilômetros na Universidade Federal de Campina Grande (UFCG) na Paraíba, no segundo semestre, é também iniciado o curso nesta Universidade Federal. Nos últimos anos a Engenharia de Biossistemas tem alcançado maior crescimento e divulgação, expandindo-se para além das duas Universidades citadas. Em 2014, na UNESP de Tupã a primeira turma de Engenharia de Biossistemas dessa Universidade começa seus estudos. Dentro do projeto de expansão dos cursos de graduação na Universidades brasileiras, no ano de 2013 foi anunciado a criação do curso para 2015 na Universidade Federal do Mato Grosso do Sul (UFMS).

Na Universidade Federal de São João del Rei, em Minas Gerais, também é oferecido o Bacharelado Interdisciplinar em Biossistemas. Com uma estrutura de oferecimento diferente dos demais cursos de Engenharia de Biossistemas, no BIB-UFSJ o aluno tem, ao final de 3 anos, uma formação básica de nível superior, onde cursará disciplinas nas áreas de ciências exatas, biológicas e sociais. Estas disciplinas são basicamente as mesmas cursadas no ciclo básico dos cursos de Engenharia Agronômica e Engenharia de Alimentos. Ao final dos 3 anos do BIB o aluno contará com um diploma de nível superior, o que pode lhe permitir a inscrição em concursos públicos, cursos de pós-graduação e ainda o aproveitamento das disciplinas cursadas em uma graduação profissionalizante. Após esse três anos o aluno pode escolher continuar para cursar um segundo curso, especializando-se em um dos cursos profissionalizantes oferecidos pela Universidade que são: Engenharia Agronômica ou Engenharia de Alimentos.

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