Logo após a Pró-Reitoria, Melfi assumiu a vice-reitoria da USP em 1998 e, quatro anos depois, tornou-se o reitor da Universidade. Nesse período, assim como nos anteriores, não deixou de desenvolver suas pesquisas, nem de dar aulas. “Eu não larguei a pesquisa nem o ensino. É o que eu gosto de fazer, então continuei, como continuo hoje. Acho que, para os alunos, também era uma motivação, porque é curioso, eram alunos de primeiro ano e nós nunca tivemos um relacionamento de aluno e reitor.”

Durante os quatro anos em que esteve à frente do cargo mais importante da USP, Melfi teve a expansão de vagas como uma de suas prioridades. “Quando eu comecei, havia 6.900 vagas colocadas no vestibular e eu falava que queria deixar a USP com 10.000 vagas.” Com a abertura do campus da zona leste, do campus II de São Carlos e a criação de novas vagas em Ribeirão Preto , o então reitor praticamente atingiu sua meta, entregando a Universidade com 9.950 vagas. “Acho que foi um período bom. Tivemos turbulências como todo reitor, que sempre passa por uma grande greve, mas eu acho que foi uma gestão em que deu para fazer bastante coisa”, avalia.

Desde 1997, Melfi dá aulas também na Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (Esalq), em Piracicaba. Depois de encerrar o ciclo de cargos administrativos da USP em 2002, continuou lecionando e pesquisando tanto no interior quanto em São Paulo. Aposentado desde o ano passado, trabalha atualmente como professor permissionário da Esalq, duas vezes por semana. No entanto, não abandona a capital. “Nunca saí daqui. Eu gosto da agitação de São Paulo. É uma cidade que oferece muita coisa – teatro, cinemas, restaurantes, vida noturna, shows.”