Nesse contexto, era papel do reitor da Universidade procurar o governador do estado para pedir suplementação de verbas para cobrir reajustes de salários e possíveis construções ou gastos imprevistos. Goldemberg lamenta: “Era uma corrida em que estávamos sempre perdendo, porque a inflação absorvia os recursos mais depressa do que podíamos gastá-los”.

Para tentar evitar os pedidos de suplementação, Goldemberg, reitor da Universidade entre 1986 e 1990, e o então reitor da Unicamp Paulo Renato Souza passaram a negociar a autonomia com o governador paulista Orestes Quércia. Os reitores propuseram, levando-se em conta os custos dos três anos anteriores, uma fração do Imposto sobre a Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS) para o financiamento. Em 1989 publicou-se o decreto que definiu o porcentual de 8,4% que nos anos posteriores subiu para 9,57%, valor atual.

Eunice Durham, que já ocupou as Secretarias Nacionais do Ensino Superior (91-92) e de Educação Superior (95-97) e atualmente responsável pela área de Políticas Educacionais do Núcleo de Pesquisa de Políticas Públicas da USP (NUPPs), aponta outro problema delicado que a autonomia se propôs a solucionar. Ela preocupava-se com o desperdício e a irracionalidade dos gastos da Universidade, já que não havia um planejamento dos recursos recebidos. Assim, Eunice é enfática ao declarar: “A defesa da autonomia não foi feita apenas porque é bom para nós, mas porque é necessária para uma administração eficaz”.

Com as mudanças, Goldemberg destaca que grande autonomia foi dada aos reitores que passaram, por exemplo, a fixar o salário do professores. Mas essa conquista também fez aumentar a responsabilidade da Universidade frente a seu orçamento e ao direcionamento de seus recursos. O ex-reitor ressalta: “Essa autonomia não significa que a Universidade determina seu orçamento, quem determina é a Assembléia Legislativa, assim como determina onde o dinheiro vai ser gasto, mas significa que com os recursos que forem alocados para a Universidade de São Paulo ela tem autonomia para geri-los”.